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赛默飞推出新一代测序平台离子激流Genexus系统

日期:2020-02-22 14:06
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摘要: 11月7日消息,日前,赛默飞世尔宣布推出其Ion Torrent Genexus系统,这是第1个完全集成的下一代测序(NGS)平台,具有自动样本报告工作流程,可在一天内经济地交付结果在分子病理学协会(AMP)2019年年会上推出的这一交钥匙解决方案重新定义了基因组分析范式,使当地医院能够在未来采用NGS检测该公司还推出了针对Genexus平台的革新性泛癌检测板——Oncomine Precision Assay*它可以从福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织和液体活检样品中,通过单一的分析,进行全方面的基因组分析。 赛默飞世尔执行...


11月7日消息,日前,赛默飞世尔宣布推出其Ion Torrent Genexus系统,这是第1个完全集成的下一代测序(NGS)平台,具有自动样本报告工作流程,可在一天内经济地交付结果在分子病理学协会(AMP)2019年年会上推出的这一交钥匙解决方案重新定义了基因组分析范式,使当地医院能够在未来采用NGS检测该公司还推出了针对Genexus平台的革新性泛癌检测板——Oncomine Precision Assay*它可以从福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)组织和液体活检样品中,通过单一的分析,进行全方面的基因组分析。

 

赛默飞世尔执行副总裁兼首席运营官Mark Stevenson说:“我们的目标是通过让临床医生利用全方面基因组信息力量,在每一个临床环境中推进更精准医疗。我们可以预见,当地医院的患者将更快地获得综合测试结果,从而指导更有效、更有针对性的医治选择和改善健康结果。

 

近期发表于Clinical Lung Cancer《临床肺癌》的一项研究强调,后勤方面的挑战限制了当地医院今天提供基于NGS的基因组检测,尽管这是大多数患者接受医治的地方由于NGS采用的障碍,包括产品的复杂性和成本,绝大多数的当地分子实验室依赖于有限的单基因测试。由于这种检测方法不能提供完整的肿瘤基因组图谱,一些实验室选择外包样品检测进行更全方面NGS分析。

 

使用市场上其他NGS平台的参考实验室的外包NGS测试受到两个主要问题的困扰:文章中强调的几个星期的结果,以及更大的样本输入要求严格的样品要求往往导致数量不够(QNS)报告,这意味着结果是不确定的今年发表的癌症临床研究3-6显示,QNS的发生率从17%到23%不等,不包括因不符合样本数量标准而未提交的样本这些问题往往与及时的医治决定不相容,并可能导致不佳的临床结果。

 

前所未有的周转时间和自动化

 

Genexus系统改变了当前的模式它亘古未有的周转时间和全自动化的工作流程减少了用户干预和人为错误的可能性该系统还需要一定数量的组织样本,并可以运行小批量的成本效益,以便在一天内提交一份全方面的报告这些特征共同为分子病理学家在未来分析NGS信息和一线检测方法(如**组织化学(IHC))奠定了基础。

 

“速度惊人,但对我来说,Genexus系统的真正价值在于它的易用性,”早期访问用户、波尔图大学分子病理学和**学研究所(IPATIMUP)首席研究员、博士Jose Luis Costa说那些尚未采纳NGS因为他们认为太困难的新发现者会发现GENEXUS系统排除了所有的复杂性。这是第1个从生物样本到报告的系统,操作员几乎没有干预。”

 

实验室可以通过**的测序芯片设计来扩展其测序运行,这将使内部测序设施能够在小批量样品到达实验室时经济有效地处理它们。Genexus系统包括Genexus集成测序器、Genexus净化系统和一个板载报告软件。

 

该系统及其相关试剂在美国食品药品管理局(FDA)注册的ISO 13485设施中制造赛默飞世尔计划寻求FDA对Genexus系统的批准,以加速未来在肿瘤学和其他临床应用中诊断分析的广泛发展。

 

用单一方法检测固体组织和液体活组织检查癌样品的生物标志物

 

通过FFPE和液体活检样品的测序,OncMin准确度分析MAX化了相关生物标记物的检测,如EGFR、ALK、KRAS、BRAF、ROS1、NTRK、RET、HER2、ERBB2等。当与Genexus系统结合时,分子检测实验室很快就能在单基因检测的同一时间段内产生全方面NGS结果这项检测是计划用于肿瘤研究和其他研究应用领域(包括传染病、遗传病和生殖健康)的几个小组中的第1个。

 

“Genexus系统所带来的进步是过去20年来下一代测序取得重大进展的典范,”项目主管中村佑介博士说,他领导了人工智能医院项目,该项目是一个在日本使用NGS和qPCR建立液体活组织检查的国家项目这一新系统的完全自动化将改变癌症研究和临床管理,并使NGS测试在未来更广泛地可供分散的实验室使用。

 

1.社区环境中晚期非小细胞肺癌的基因组分析:差距与机遇;Martin E.Gutierrez等人;临床肺癌,2017年11月。

 

2.在非小细胞肺癌和黑色素瘤患者中实施肿瘤突变负荷试验以预测持久的临床效益Heeke S.等人癌症2019年8月;11(9)pii:E1271doi:10.3390/cancers11091271。

 

3.305项的下一代测序:临床结果和管理变化;Gregory J.Kubicek,MD.等,《临床肿瘤学》,2019年8月。

 

4.一线Nivolumab+Ipilimumab医治晚期非小细胞肺癌(CheckMate 568):以程序性死亡配体1和肿瘤突变负荷作为生物标记物的结果;Suresh S.Ramalingam,MD.等,肿瘤学杂志,2019年2月。

 

5.FoundationOne组织分子分析在转移性前列腺癌患者中的临床应用;Jason Zhu等;泌尿系肿瘤:研讨会和原始调查,2019年7月。

 

6.摘要4889:使用Oncomine™TML和FoundationOne™分析与常规临床FFPE组织样本进行肿瘤突变负荷的比较,以预测肺癌和黑色素瘤患者的持久临床效益-一项结合PD-L1和CD8+评估的多变量分析Heeke S.等人DOI:10.1158/1538-7445.AM2019-4889;2019年7月。

 

*仅供研究使用不用于诊断程序

 

 

 


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